Die Mineralogische Sammlung gehört heute zum Lehrstuhl für Allgemeine und Angewandte MineralogieExterner Link am Institut für Geowissenschaften. Ihre Wurzeln reichen aber in das Gründungsjahr 1779 zurück. Aus einem Naturalienkabinett hervorgegangen, präsentiert die Mineralogische Sammlung auf knapp 150m² einen Querschnitt aus ihren Sammlungsbeständen, welche kontinuierlich aufgebaut und erweitert wurden. Gezeigt werden neben Mineralen und Gesteinen aus der Trias in und um Jena ein Querschnitt aus der systematischen Sammlung mit weltweiten Fundpunkten unter besonderer Berücksichtigung Thüringer Vorkommen. Eine Vitrine ist dem Thema der Meteorite und Tektite vorbehalten. Zur Dauerausstellung gehören ferner ein historischer Raum mit Geschenken von Goethe und Mitgliedern der 1797 in Jena gegründeten "Societät für die gesammte Mineralogie zu Jena" sowie ein UV-Kabinett. Wechselnde Sonderausstellungen komplettieren das Angebot.